К этому моменту закончились все матчи понедельника. В группе А путёвки во второй раунд завоевали "Вулкан-ЦИС" и ЭЛМОНТ. Обе команды в заключительном туре одержали победы, но если подмосковный клуб без проблем разобрался с новичком турнира – белгородским "Легионом" – 8:3, то питерцы вырвали возможность продолжить борьбу за трофей лишь в последние три минуты поединка против "Спутника", победив – 3:2.
В квартете В одно из мест во втором раунде заранее забронировал себе "АйБиэС", а вот за вторую путёвку предстояла настоящая битва. "Кубань" и "Элекс-Фаворит" в равной степени претендовали на второе место, победа с любым счётом выводила счастливчика в следующий этап. Матч получился как раз таким, каким и должен был. "Кубань" трижды вела в счёте, в третьем периоде пропустила дважды и уступала – 3:4, но за две минуты до финального свистка Роман Аверин перевёл поединок в дополнительное время. Но едва овертайм стартовал, как последовал точный удар рязанца Иарзани Сафояна, ставший, как оказалось последним и победным. "Элекс-Фаворит" обеспечил себе второе место, краснодарцам оставалось ждать завершения всех матчей, чтобы понять, смогут они стать "лаки-лузерами".
Группа С не могла похвастать наличие особой интриги: ЦСКА и "Лукойл", обеспечившие себе продолжение борьбы, в очном противостоянии оспаривали первое место. Голов в этом матче оказалось всего два, жёлтых карточек – четыре, а победу одержали калининградцы – 2:0. Задача клуба "Союз-Чернобыль" была гораздо прозаичнее. Ростовчанам нужно было как можно крупнее обыгрывать пермский "Малахит" и, как и "Кубани", ждать итогов всего тура. У "Чернобыля" это получилось, счёт 8:3, как оказалось позже, помог обойти Краснодар по общему количеству забитых мячей.
В группе Е ситуация после вынесенного по "Джокеру" решения поменялась следующим образом. На первое место переместился "Кронштадт-Променад", сумевший обыграть "Крылья Советов" в дополнительное время – 5:4. Победный гол у клуба из Балтийска забил Антон Данилкин. Самарцам поражение не помешало сохранить место во втором раунде турнира.
И окончательно состав клубов, получивших право сыграть в следующем раунде Кубка России-2013, сформировался по итогам противостояния "Строгино" и FC "CITY-Лукойл". Москвичей вполне устраивало даже поражение с разницей в три мяча, питерцы могли проиграть в один мяч, но при этом забивать обязаны были не менее шести. В итоге шесть мячей действительно были забито, но влетели они в ворота "горожан". Крупное поражение 1:6 оставило местный клуб далеко за бортом второго раунда Кубка, а с третьих мест в качестве "лаки-лузеров" вышли «Кубань» и «Чернобыль».
Впрочем, своё логическое завершение ситуация получила лишь спустя сутки. Непосредственно перед жеребьёвкой второго раунда новосибирцы попытались в последний раз защитить свои права, дело даже дошло до голосования, но, в итоге, решение дирекции Кубка по «Джокеру» так и не поменялось. Спустя несколько минут к кубковой дюжине присоединились "Локомотив", "Кристалл", "Ротор" и "Динамо", по результатам жеребьёвки образовались следующие группы:
Группа А: «Ротор» (Волгоград), «Вулкан-ЦИС» (Санкт-Петербург), «Строгино» (Москва), «Крылья Советов-ВСБ» (Самара)
Группа В: «Локомотив» (Москва), "АйБиэС" (Санкт-Петербург), ЦСКА (Москва), «Кубань» (Краснодар)
Группа С: «Динамо», (Москва), «Лукойл» (Калининград), ЭЛМОНТ (Королев), «Элекс-Фаворит» (Рязань)
Группа D: «Кристалл» (Санкт-Петербург), «Подводник» (Ярославль), «Кронштадт-Променад» (Балтийск), «Союз-Чернобыль» (Ростовская обл.)
Подробная статистика третьего игрового дня Кубка России-2013